多肽合成儀以固相合成為反應原理，在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序(序列，一般從C端-羧基端 向 N端-氨基端)不斷添加、反應、合成，操作最終得到多肽載體。固相合成法，大大的減輕了每步產品提純的難度。
 

　　為了防止副反應的發生，參加反應的氨基酸的側鏈都是保護的。羧基端是游離的，并且在反應之前必須活化。固相合成方法有兩種，即Fmoc和tBoc。由于Fmoc比tBoc存在很多優勢，現在大多采用Fmoc法合成，但對于某些短肽，tBoc因其產率高的優勢仍然被很多企業所采用。
 

　　多肽合成儀用于合成各種蛋白質與多肽，進行蛋白質結構、功能以及體外相互作用、免疫學等方面的研究。下面舉例說明多肽合成儀的應用。
 

　　一、合成漢坦病毒核衣殼蛋白抗原多肽片段
 

　　利用多肽合成儀合成漢坦病毒核衣殼蛋白(aal7～66)50個氨基酸殘基的核心序列，以此為抗原，建立了新型的特異性檢測抗漢坦病毒IgG和IgM的酶聯免疫方法。該方法特異性強，靈敏度高，簡便易行，適合基層醫療單位進行診斷。
 

　　二、用于多肽類藥物的研制
 

　　新的活性肽不斷發現對揭開生命奧秘如細胞分化、免疫防御、腫瘤、衰老、生殖、分子進化等以及激素功能有了更深層次的認識。利用多肽合成儀可以快速獲取活性最佳的多肽，加速多肽藥物開發。
 

　　此外，多肽合成儀為組合化學方法的建立奠定了基礎，可用于合成肽組合庫的合成，為組合化學的發展做出了重大貢獻。